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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出密切的动物渗透性，是指抗癌肿和抵抗毒功能。一般来说，三萜是依据甲羟戊酸路经合成视频的，并从非天然值物和真菌感染中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的实验论文怎么写。该的实验察觉三萜类有机物虫草粉酸（GA）是根据药液锻炼的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物和转化了引起的。实现转录组和蛋清酶质组学枝术工艺进一大步探索性无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT引起2种灵芝粉粉酸（GA）的机制化，并随着两组学枝术工艺检验到的差距性DNA和差距性蛋清酶，推算DHT 动物分解 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能模块总类

采用对无柄野生灵芝细菌菌丝体完成转录组测序共得以67230个转录本和14296个单dna。在这单dna中，496个被司法鉴定为差异性抒发dna（DEGs），这里面213个抒发调整，279个抒发再降（图1A）。GO丰度具体深入分析后，DEGs主要包括生态学的时候（BP）、神经元材料（CC）和原子核模块（MF）3类。在BP类属中，经常出现了前几个子类属：抗生素类分离排泄的时候，醋酸钠盐排泄的时候和甲酸盐排泄的时候;而在CC类属中，神经元外区、突触分手后复合体、突触组成部分是前几个亚类。我们对MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）生物、防氧化复原酶生物和酸氨（或酰胺）联接酶生物是前几个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG信号灯径路具体深入分析中，前30条丰度度很高的信号灯径路中含27条都属于排泄，这里面丁烷排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄信号灯信号灯径路显著性丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功用的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体判定球血清酶质含量组学开展讲解，共设判定了16,457种独家肽、2606种球血清酶质含量和2588种按量球血清酶质含量。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立具体条件下，在这个2606种球血清酶质含量中，94种被检验为之间的关系化表达出爱球血清酶（DEPs），这里面52种调整，42种下跌（图2A），图2C显视了之间的关系化表达出爱球血清酶的聚类算法开展讲解热图。从GO开展讲解看，BP行业类别显视，基本上都数DEPs体验冰醋酸盐新陈生殖癌体细胞系新陈产生转化环节、抗菌素可分解的新陈生殖癌体细胞系新陈产生转化环节和中药可分解的新陈生殖癌体细胞系新陈产生转化环节。CC类DEPs在生殖癌体细胞系外区、过钝化物酶体和微体中比率是较高的，钝化修复酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的比例图是较高的（图2B）。与转录组效果相仿，KEGG径路开展讲解显视，多数DEPs在新陈生殖癌体细胞系新陈产生转化中丰度，这里面3条最丰度的行业是光合动物中的碳固定不动、碳新陈生殖癌体细胞系新陈产生转化和MAPK走势径路（图2D）。再者，在开展讲解GO资料库的CC对DEPs判定亚生殖癌体细胞系准确定位开展讲解和引用（图2E），DEPs最一般的分散在生殖癌体细胞系质（40.66%）、生殖癌体细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs动物制成的最一般的地点。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法剖析和功能表确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物有效的转化和较组备选DEGs和DEPs做成了维恩图，有20个区别理解DNA（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs做好聚类进行数据分析进行数据分析，找到mRNA和淀粉酶质两者内有11个上涨DNA和1个降低DNA，DEGs和它译为的DEPs理解水平面呈正关于，来源于Pearson的关于数值进行数据分析，在转录组和淀粉酶质组两者内检侧到对于较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测结杲界面显示，E组和C组19个DEGs的把你想展示出来技术性别差异明显，这当中9个为上浮DEGs，俩为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想展示出来态势与转录成分析结杲一直。

图3|球蛋白质含量组的降钙素原检测阐述和效果查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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