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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿平台最喜欢见的问题中的一个。肾安排中CaOx纳米线过过剩岩浆岩会造成的肾小管组织细胞磨损和凋亡,若想造成的肾结石的成型。短链脂肪含量细胞酸由肠腔内活性污泥法微生物发醇饮食玻纤造成,不只是在线条肠腔防线中更好地发挥出来的功效,然而在平台层次上也更好地发挥出来主要的功效。中仅,丁酸是最多样化的短链脂肪含量细胞酸,包括抗感染和免疫检测促使的功效,本科研刍议丁酸对CaOx肾结石的的功效还有其不确定靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山大医院泌尿美容外科吴忠先生、周子健博后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠医学博士生导师、周子健医学博士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了手机网络药理学学提供服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

的文章名号:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 雇主基层单位:华山卫生院 探讨对象图片:大鼠、HK-2组织 分组名称资讯:對照组(Con)、仿真模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱作为方法:网路药剂学学测试

想法流量图

探索后果

科学研究探讨相关人员第一步创造出一个大鼠绘图工具,用生理学生物化学评价指标和团队病理学学复染等科学研究探讨技术挖掘丁酸还可以缩减CaOx绘图工具大鼠肾CaOx晶胞的造成和受伤,缓和CaOx绘图工具大鼠的感染受伤和硫化材质的过激表达方式。另外,丁酸还可阻止草酸诱导型的HK-2肿瘤生殖细胞受伤、硫化应激状态和肿瘤生殖细胞凋亡。 为与探讨丁酸设计和靶染色体无线网路信息,的研究人从PubChem读取丁酸和丁酸酯的二维和三维立体设计(图1A)。借助PharmMapper动态数据表格信息库和Uniprot动态数据表格信息库净化处理后共建立出11七个丁酸靶染色体供切实骤定性概述。将染色体索引导进STRING动态数据表格信息库,完成PPI无线网路信息定性概述。Cytoscape列出了重新排列的前20的核心靶染色体的仔细无线网路信息图,涉及CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这样的核心染色体与无线网路信息中的一些染色体均行为 出必须的关于 系联性,介绍这样的染色体将利用着一体化用途。GO和KEGG定性概述阐述了丁酸核心染色体的关于 系联方式和生物体技术学的功能(图1C)。核心染色体比较重要的与类固醇性促使素回话、阳极硫化应激体现现象回话、活力性酶氧神经细胞对类固醇性促使素促使的现象并且对强酸生物体物质的现象关于 。上述情况揭示,这样的核心染色体比较重要的参与性了阳极硫化应激体现现象和对活力性酶氧的生物体技术现象操作过程,是肾结石成型逻辑中至关比较重要的的方式,这揭示丁酸将在肾结石中利用比较重要的用途。

图1| 丁酸设备构造与靶dna在线深入分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进每一步科学探索丁酸对CaOx肾结石确确实实切靶染色体,研发的人利用率GEO数剧凸显库对GSE73680中营养健康差表与CaOx肾结石人群的染色体差异性来来了研发。差表组与CaOx结石人群的可观性好异性传达染色体(DEGs)产前筛查规格为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个染色体会发生可观变迁,这当中3379个(89.4%)染色体传达上涨,404个(10.6%)染色体传达下跌(图2A)。对DEGs来来聚类分析法钻研分析钻研分析,热图凸显了前10个被选中DEGs的二维分层现象聚类分析法钻研分析特性(图2B)。随着,研发的人顺利通过GeneCards数剧凸显库人力亲子鉴定了370个有机会与CaOx肾结石重要性的染色体,名次前20位的预估染色体以及重要性性评分表图甲2C如图是。从而寻找丁酸制疗CaOx肾结石的关键的靶点,研发的人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石重要性染色体治理得见了个Venn图。终究,CYP2C9被断定为丁酸会影响CaOx肾结石的内在靶点(图2D)。因此,研发的人还来来了丁酸与CYP2C9的团伙连通,CYP2C9的这几个有机酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸互相功能,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在凭借系统临床药理学分析预测CYP2C9是丁酸后果CaOx肾结石的靶基因组后,进行实验人员管理还凭借神经组织进行实验断定了CYP2C9可较低草酸介导的HK-2神经组织的ROS总体水平、发炎受损和凋亡。

图2| 普遍据库协力深入分析精准预测CYP2C9是丁酸角色于CaOx肾结石的靶人类基因

研究探讨结杲

本研究分析一开始察觉到了丁酸在身体里和身体里均能调控CaOx肾结石模型工具的阳极防氧化应激性反应和支原体感染挫伤,然后根据互联网上药学学选择拥有丁酸影响力CaOx肾结石的潜在的靶点——CYP2C9,最后一个根据生殖神经元测试否认CYP2C9在草酸盐引诱的HK-2生殖神经元ROS情况、支原体感染挫伤和凋亡。等等察觉到了显示丁酸会根据调控CYP2C9来调控CaOx肾结石的阳极防氧化应激性反应,消除支原体感染挫伤。该操作过程中拜谱生物工程体展示 了互联网上药学学新服务质量联系管理,另外拜谱生物工程体可挺高完美不断完善的基因组组学、球核苷酸组学、分解组学等多个学商品及新服务质量联系管理,欢迎大家转达联系! 参阅期刊论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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