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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物制品技术mRNA中最猛要的转录后突显,在真核生物制品技术的方面的问题和身体环节中起着至关为重要的目的。高血糖了解思维障碍一种不可逆反应的神经中枢末梢神经中枢控制系统退行性重大疾病,日前成长 当然切共识机制未能非常体现了,同时匮乏有效地的防范和治療有效途径。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱海洋生物为其提供m6A甲基化分析一下技术工艺工作,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

散文品牌:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

玩家机关单位:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

调查建筑材料:小鼠脑组织

拜谱具备技术应用:m6A甲基化(MeRIP-seq)

提要图:

图1| 英文论文图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

分析导致

1.DCI小鼠海马中m6A遗传基因表达的变更

探讨工人1设立了高脂食用和自我认同思维障碍(DCI)的小鼠3d模型。为会比较剖析组(n = 3)和DCI组(n = 3)之間的m6A表观遗传遮盖,探讨工人适用MeRIP-seq做好了转录组使用范围内的m6A-seq进行分析。在DCI组的10664个简码表观遗传转录物(mRNAs)中国共产党显示剖析组的2371一不重交叠叠的m6A峰。较之下,DCI组呈现出23,75一非重交叠叠m6A峰。里面,9349个甲基化表观遗传在剖析组和DCI组之間重交叠叠(图2)。

图2| 照表组和DCl组m6a体现染色体的维恩图

共签定出1277个不一致性甲基化的m6A位点(DMMSs),这之中60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化的水平分辨可观低过對照组。探讨其地域数据分散点前提发展m6A峰地域数据分散点在全RNA中(图3A),并可根据其地域数据分散点的转录地方可分为一些五组:5'UTR、3'UTR、转录起至位点地方段落、暂停解锁用户名和账号密码子段落、起至解锁用户名和账号密码子段落和编号规则字段(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和暂停解锁用户名和账号密码子付近可观生物富集(图3B)。因为开展这么多人类表观遗传上m6A绘制语的地方,的研究的人员淘汰了有峰参考文献标注的地方,并旋光度的测定了这么多人类表观遗传上reads的复盖率。在DCI组中,m6A绘制语区偏往于3'UTR区(图3C)。大部分mRNA内的DMMS都被地位到着色体上不去开展其地域数据分散点概述。其他小鼠着色体的m6A绘制语谱其他。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的变换

方便查验m6A装饰在DCI小鼠中的微分子海洋生物学功效,探析员工从一组任选择有DMMS的蛋白质商品编号DNA通过GO和KEGG探讨(图4A)。在GO探讨中,高甲基化DNA在神经細胞系步骤、微海洋生物步骤控制、促使亲水性和杂环氧化物组合中不错聚集。KEGG卫星警报灯环路探讨表现,高甲基化DNA与T神经細胞系肾上腺素感觉卫星警报灯卫星警报灯环路、小神经細胞系肺腺癌和RIG-I样肾上腺素感觉卫星警报灯卫星警报灯环路重要性(图4B)。谈谈低甲基化DNA,GO探讨表现在神经細胞系步骤、分解代谢步骤和组合步骤中不错聚集有机会环氧化物、组合杂环氧化物和促使亲水性(图4C)。KEGG卫星警报灯环路探讨探求了低甲基化DNA与肥厚性心肌病和Hippo卫星警报灯卫星警报灯环路的锁定(图4D)。

图4| 的差异甲基化m6A位点的通道丰度

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据文件的联办概述

接着随后研究具体分析者将m6A MeRIP-Seq的大数据表格和原先RNA-Seq的大数据表格实施联手具体分析,得知163个mRNA,m6A峰和mRNA情况正相关该变。41种mRNA的m6A和mRNA情况调涨,14种mRNA情况下降。凡此种种,30个基因组组组mRNA呈现爱调涨,m6A情况下降,7八个基因组组组mRNA呈现爱下降,m6A情况调涨(图5A)。末尾,在校园营销推广活动的环节之中所构建一堆个PPI网路来体现163个基因组组组商品代码的蛋白酶范围内的衔接(图5B)。

长为6图示,GO和KEGG介绍可分为四组:(1) m6A调涨,mRNA下降;(2) m6A调涨,mRNA调涨;(3) m6A下降,mRNA下降;(4) 遗传遗传表观遗传m6A下降和mRNA调涨。在GO介绍中,m6A调涨和mRNA下降的遗传遗传表观遗传在体受损血内部分解转化的操作阶段 、芬芳族化学物质生物技术制作而成的操作阶段 和RNA分解转化的操作阶段 的干预中明显聚集。KEGG介绍展现,这遗传遗传表观遗传在皮脂酸分解转化、小体受损血内部肺肿瘤、丙酸分解转化和异丙醇酸分解转化中聚集。对于那些m6A调涨和mRNA调涨的遗传遗传表观遗传,GO介绍展现在亚铁联系、亚胺丙氨酸脱羧酶催化活性氧酶氧、天冬氨酸1-脱羧酶催化活性氧酶氧和体受损血内部接连按装负干预中聚集;KEGG介绍展现在2型胃癌、皮脂体受损血内部系数数据通道和胰岛素数据通道中聚集。在GO介绍中,m6A下降和mRNA下降的遗传遗传表观遗传在寡肽联系、谷胱甘肽联系和二硫脱色物脱色重现酶催化活性氧酶氧中聚集,而在KEGG介绍中,其在青柠檬酸嵌套嵌套循环(TCA嵌套嵌套循环)、丙酸分解转化和多种类凋亡中聚集。在GO介绍中,m6A下降和mRNA调涨的遗传遗传表观遗传在胚胎骨膝盖性状发生、淀粉酶激酶催化活性氧酶氧成功激活和NADP分解转化的操作阶段 中聚集,在KEGG介绍中,m6A下降和mRNA调涨遗传遗传表观遗传在新霉素、卡那霉素和运动神经有营养系数数据通道中聚集。

图5| m6A甲基化与mRNA表达方式的综合研究分析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG概述

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本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱海洋生物提供了m6A甲基化方法服务管理,拜谱生物学可提供完善成熟的蛋白酶组学、产生组学、转录组学还有几组学结合的产品的技术保障,欢迎致电咨询!

基准学术论文:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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